Em relação a matéria tributária, a Constituição Federal prevê, em seu artigo 146, inciso III, alínea c, que a lei complementar estabelecerá normas gerais sobre o adequado tratamento tributário ao ato cooperativo praticado pelas referidas sociedades cooperativas.

Deste modo, alguns pontos devem ser observados em relação as questões tributárias da cooperativa.

Quanto aos tributos federais, especialmente o IRPJ e a CSLL, as Sociedades Cooperativas, de acordo com os Artigos 193 e 194, do Decreto nº 9.580, de 22 de novembro de 2018, não terá incidência de IR sobre suas atividades econômicas, que não objetivam lucro, somente sendo oneradas sobre os resultados positivos decorrente de atividades estranhas ao ato cooperativo. Quanto a CSLL, o Artigo 39, da Lei nº 10.865, de 30 de abril de 2004, prevê a isenção sobre os atos cooperativos, com exceção as sociedades cooperativas de consumo.

Quanto ao regime de tributação, as cooperativas poderão selecionar aquele que é mais adequado à sua atividade, com exceção as cooperativas de crédito. Essas, segundo determinação do Banco Central do Brasil, deverão ser enquadradas no Lucro Real.

Com relação ao ICMS e IPI, havendo atividades que justifiquem a incidência desses impostos, a cooperativa deverá fazer o recolhimento de acordo com as respectivas legislações.

No caso do ISS, de acordo com o art. 79, da Lei nº 5.765/1971, as prestações de serviços com cooperados não caracteriza operação tributável pelo ISS. Dessa forma, somente prestação de serviço à terceiros terá tributação do referido imposto.

Quanto ao PIS/Pasep, esse imposto incidirá sobre a folha de pagamento mensal dos empregados da cooperativa no percentual de 1%, além de ser tributada a receita nas alíquotas definidas pelo regime de tributação selecionado, nos mesmos moldes das demais empresas. No que se refere à Cofins, a cobrança também segue os mesmos preceitos legais das demais empresas.

Ainda sobre essas duas contribuições, as Cooperativas que exploram as atividades agropecuárias estarão sujeitas ao regime da não-cumulatividade do PIS/Pasep e COFINS.